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dc.contributor.advisorCastillo, Andrésspa
dc.contributor.advisorPachajoa, Harryspa
dc.contributor.advisorCastaño Valencia, Rafael Santiagospa
dc.contributor.authorGuañarita Bañol, Angie Marcelaspa
dc.coverage.spatialCali de Lat: 03 24 00 N degrees minutes Lat: 3.4000 decimal degrees Long: 076 30 00 W degrees minutes Long: -76.5000 decimal degrees.spa
dc.date.accessioned2014-09-08T21:45:09Z-
dc.date.available2014-09-08T21:45:09Z-
dc.date.issued2013-12-01-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10906/76815-
dc.descriptionSegún los reportes históricos mundiales, la presencia de metales pesados ha aumentado dramáticamente desde el advenimiento de la revolución industrial. Algunos de estos metales como Cadmio, Mercurio y Plomo son los metales que más se han relacionado con la muerte y degradación de ecosistemas por eco-toxicidad sobre flora y fauna; y por otro lado se relacionan con las intoxicaciones humanas (tanto agudas como crónicas) que generan daños degenerativos, durante el desarrollo embrionario, juvenil y neurológico a diferentes niveles. Muchos de los focos que concentran estos metales, son los centros industriales, los centros de acopio de basura (sin manejo y reciclado adecuado) y actualmente la minería de oro. Y se hace necesario plantear sistemas de monitoreo de metales pesados, control y manejo de basuras. El conocimiento de la proteína hepática Metalotioneina y el entendimiento de su función principal como agente quelante de metales pesados, es de gran utilidad al permitir analizar los niveles de contaminación y consecuencias que pueden resultar tras la bioaumulación en los organismos vivos. En el ambiente la presencia y los niveles de metales pesados resultan desconocidos, algunos organismos pueden contribuirnos al descubrimiento de nuevos conceptos y los patrones de contaminación a los que nos enfrentamos. Este trabajo tiene como objetivo aislar el DNA complementario de la proteína hepática Metalotioneina que se expresa en ambientes altamente perturbados y contaminados por metales pesados. Para lograr este objetivo se propone el uso de la rana invasora Eleutherodactylus johnstonei para analizar los aspectos moleculares en la rana que evidencie la presencia de esta proteína y así eestablecerla para el 2013 como un organismo bioindicador de la presencia de metales pesados en zonas de la ciudad de Cali. La metodología se encaminó a aislar ARN total, hacer transcripción reversa y amplificación de secuencias por PCR. El aislamiento de ARN total de hígado de la rana Eleutherodactylus johnstonei se refinó al punto de obtener ARN de buena calidad y cualidades verificadas mediante electroforesis de geles desnaturalizantes para ARN las dos bandas características de los ARN ribosomales. Mediante entrenamiento bioinformático de alineamiento de ocho secuencias de metalotioneinas de vertebrados, el uso de una herramienta para el diseño de cebadores y el tamizaje (por búsqueda BLASTN) de los cebadores resultantes del diseño, se obtuvieron tres pares de cebadores degenerados diseñados para metalotioneinas de vertebrados no mamíferos. Las reacciones de transcripción reversa y reacción en cadena de polimerasa (RT-PCR) hechas en este trabajo sumaron un total de 54 reacciones en las que se emplearon combinaciones con los cebadores degenerados diseñados para metalotioneina. Al verificar las reacciones de PCR mediante geles de agarosa no se evidencio (amplicones) bandas bien definidas, a excepción de la reacción en la que el ADNc se hizo empleando el cebador Poly dT, y posteriormente fue amplificado por PCR empleando los cebadores DG2F y DG1R. Sin embargo al someter la secuencia obtenida a una búsqueda BLASTN, esta no tuvo similitud con Metalotioneinas, además de que la secuencia legible solo contó con 25 bases y la otra porción no fue dilucidable. Para este estudio los resultados sugieren que se debe modificar las reacciones RT-PCR y las variables de temperatura de anidamiento de los cebadores o rediseñar cebadores para reforzar la estrategia de obtención de la secuencia.spa
dc.description.abstractAccording to global historical reports, the presence of heavy metals has increased dramatically since the beginning of the industrial revolution. Some of these metals such as cadmium, mercury and lead, have been linked to death and degradation of ecosystems by eco- toxicity of flora and fauna, and on the other hand are related to human poisonings ( acute and chronic ), degenerative damage generated during embryonic development, youth and neurological at different levels. Many of the focus that concentrate these metals are industrial centers, the garbage collection centers (without proper management and recycling) and gold mining currently. It becomes necessary to propose monitoring systems of heavy metals, control and waste management. The knowledge of hepatic protein Metallothionein and understanding its primary function as heavy metal chelating agent, is useful to allow the analysis of contamination levels and consequences that can result after bioaccumulation in living organisms. In the environment the presence and levels of heavy metals are unknown; some organisms can contribute to the discovery of new concepts and patterns of contamination that we face. This study aims to isolate the complementary DNA Metallothionein liver protein that is expressed in environments highly disturbed and contaminated by heavy metals. To achieve this objective we propose the use of invasive frog Eleutherodactylus johnstonei to analyze their molecular aspects, evidencing the presence of this protein and thus establish in 2013 as a bioindicator organism for the presence of heavy metals in areas of the city Cali. The methodology is routed for total RNA isolation, reverse transcription and sequence amplification by PCR. The isolation of total RNA from liver Eleutherodactylus johnstonei was refined until the point of obtain good quality RNA and qualities verified by electrophoresis of denaturing gels to RNA and display the two bands characteristic of ribosomal RNA. Using bioinformatic training of eight sequences alignment of metallothionein vertebrate , the use of a tool for designing primers and the screening ( by Blastn search) resulting design primers, were obtained three pairs of degenerate primers designed to vertebrate metallothioneins non-mammals. The reactions of reverse transcription and polymerase chain reaction (RT -PCR) made in this study totaled 54 reactions that were employed in combination with the degenerate primers designed to metallothionein. When were verified the PCR reactions on agarose gels, did not show well defined bands ( amplicons ), except for the reaction in which the cDNA was carried out using poly dT primer , whose product was subsequently amplified by PCR using DG2F and DG1R primers . However the sequence obtained by subjecting a Blastn search, this had not similarity to metallothionein. Also, the sequence readable only had 25 bases and the other portion was not possible to read. For this study, the results suggest that the RT- PCR reactions must be modified and temperature variables primers nesting or redesigning primers to reinforce the strategy of obtaining the sequencespa
dc.format.extentTG660.6/G913dspa
dc.format.mediumDigitalspa
dc.language.isospaspa
dc.publisherUniversidad Icesispa
dc.rightsEL AUTOR, expresa que la obra objeto de la presente autorización es original y la elaboró sin quebrantar ni suplantar los derechos de autor de terceros, y de tal forma, la obra es de su exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre éste. PARÁGRAFO: en caso de queja o acción por parte de un tercero referente a los derechos de autor sobre el artículo, folleto o libro en cuestión, EL AUTOR, asumirá la responsabilidad total, y saldrá en defensa de los derechos aquí autorizados; para todos los efectos, la Universidad Icesi actúa como un tercero de buena fe. Esta autorización, permite a la Universidad Icesi, de forma indefinida, para que en los términos establecidos en la Ley 23 de 1982, la Ley 44 de 1993, leyes y jurisprudencia vigente al respecto, haga publicación de este con fines educativos. Toda persona que consulte ya sea la biblioteca o en medio electrónico podrá copiar apartes del texto citando siempre la fuentes, es decir el título del trabajo y el autor.spa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/-
dc.subjectFacultad de Ciencias Naturalesspa
dc.subjectProducción intelectual registrada - Universidad Icesispa
dc.subjectBiologíaspa
dc.subjectBiología molecularspa
dc.subjectBiotecnologíaspa
dc.subjectFisiología animalspa
dc.subjectBioaccumulationspa
dc.subjectMetallothioneinspa
dc.subject.ddcTG660.6/G913dspa
dc.titleDeduccion In-Sílico de la secuencia de la proteína hepática metalotioneina en muestras de Eleutherodactylus Johnstonei en el Valle del Cauca, Cali- Colombiaspa
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisspa
dc.audienceComunidad Universidad Icesi - Estudiantes-
dc.identifier.OLIBhttp://biblioteca2.icesi.edu.co/cgi-olib/?infile=details.glu&loid=266925-
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias Naturalesspa
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
dc.contributor.roleAsesorspa
dc.creator.degreeBiólogospa
dc.publisher.programBiologíaspa
dc.publisher.departmentBiologíaspa
dc.creator.emailangiemarcela@hotmail.comspa
dc.rights.licenseAtribuci�n-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)-
dc.publisher.placeSantiago de Calispa
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f-
dc.type.localTrabajo de gradospa
dc.identifier.instnameinstname: Universidad Icesi-
dc.identifier.reponamereponame: Biblioteca Digital-
dc.identifier.repourlrepourl: https://repository.icesi.edu.co/-
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2-
dc.type.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionspa
dc.type.coarversionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85-
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