Alineamiento de múltiples secuencias de aminoácidos usando algoritmos genéticos
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Universidad Icesi
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Abstract
This article describes a genetic algorithm
and its implementation that it
allows the alignment of multiple sequences
of amino acids by means of relocations
that simulate the gaps insertion
(holes) and actions of recombination
to obtain higher scores in the alignment.
Such scores are obtained by
means of the method of the sum of
even, in which there are considered all
the possible combinations of amino acids
in each column of the alignment
and they are qualified being based on
the punctuations of the matrix BLOSUM62.
Description
El presente artículo describe un algoritmo genético y su implementación, que permite el alineamiento de múltiples secuencias de aminoácidos mediante reacomodaciones que simulan la inserción de gaps (huecos) y acciones de recombinación para obtener puntajes más altos en el alineamiento. Tales puntajes se obtienen mediante el método de la suma de pares, en el cual se consideran todas las posibles combinaciones de aminoácidos en cada columna del alineamiento y se califican basándose en las puntuaciones de la matriz BLOSUM62.
Palabras clave
BIOINFORMÁTICAALGORITMOS GENÉTICOSGENÓMICAALINEAMINETO DE MÚLTIPLES SECUENCIASFACULTAD DE INGENIERÍAPRODUCCIÓN INTELECTUAL REGISTRADA - UNIVERSIDAD ICESISISTEMA & TELEMÁTICATelecommunicationSystems engineeringIngeniería de sistemas y comunicacionesTelecomunicacionesAutomatización y sistemas de controlCommand and control system
Keywords
BIOINFORMATICSGENETIC ALGORITHMS
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