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Ítem Simulación con dinámica molecular de polímeros anfifílicos: dependencia del pH, longitud de la cadena polimérica y cadena alquílica.(Universidad Icesi, 2013-07-03) Suárez Vallejo, Catalina; Arango Mambuscay, Carlos AlbertoMicroencapsulation of bioactive substances has a high priority for further development in pharmaceutical chemistry, medicine, biochemistry and materials science. Targeted delivery and controlled release of drugs are some of the main interests of this research area. The objectives include protection of drugs from degradation, decrement of their toxicity, enhancement of their biological effectiveness among others. The vast majority of new chemicals entities released for different treatments show poor solubility in water and exhibit low oral bioavailability, as a consequence high doses of these drugs must be supplied. It is necessary to find alternative delivery technologies. Polymer and polyelectrolyte devices, fluoroalcane microemulsions, micelles, and hydrogels are some of the systems that have been developed to encapsulate and transfer various materials disperse on the micro and nano level.Ítem Simulación computacional con dinámica molecular : ovillamiento de sistemas polielectrolitos aniónicos como reservorio del metronidazol(Universidad Icesi, 2016-01-01) Herrera Zúñiga , Jhonathan; Arango Mambuscay, Carlos Alberto; Asesor TesisDe las nuevas entidades químicas con gran potencial farmacológico, un gran porcentaje exhibe baja solubilidad en medio acuoso, lo que se traduce en una baja biodisponibilidad. La utilización de nano-agregados poliméricos para encapsular diferentes principios activos es la alternativa hacia donde apunta la industria farmacéutica. Los nano-agregados moleculares formados entre las moléculas orgánicas Metronidazol y Tinidazol (ingredientes farmacológicamente activos) y los polielectrolitos de las sales potásicas de ácido maléico co-1-olefina (matriz polimérica) pueden estudiarse a nivel de Dinámica Molecular. En este proyecto se estudiaron a nivel in silico las interacciones y estabilidades energéticas de los principios activos con diferentes matrices poliméricas.Ítem Modelo computacional del bloqueo del canal de potasio Kv13 por mutantes de las toxinas meutxka1 y meutxka3(Universidad Icesi, 2016-01-01) Duque Valderrutén, Katherin; Arango Mambuscay, Carlos Alberto; Asesor TesisLos canales de potasio dependientes de voltaje son sumamente importantes para la vida, ya que se encuentran en células excitables como las neuronales y en células musculares (O’Connor & Adams, 2010). En especial se ha demostrado que el canal de potasio Kv1.3 se encuentra implicado en la señalización, función y proliferación de células T (Wulff et al., 2003). Debido a lo anterior, el canal Kv1.3 es asociado a patologías mediadas por células T, como esclerosis múltiple, diabetes mellitus y artritis reumatoide. Por ello, un bloqueador selectivo de este canal podría impedir la propagación de las células T y sería un potente inmunosupresor.Ítem Simulación computacional del bloqueo del canal de potasio KV1.3 por toxinas del veneno de escorpión(Universidad Icesi, 2014-01-01) Velásquez García , Natalia; Arango Mambuscay, Carlos Alberto; Asesor Tesis; Asesor TesisExiste una gran variedad de canales de potasio, los cuales se encargan de mediar el trasporte de los iones K+ a través de la membrana celular. Además cumplen múltiples funciones en la producción y generación de potenciales de acción, proliferación celular y apoptosis. Se seleccionó Kv1.3 como objeto de estudio de éste proyecto, debido a que, este canal se encuentra en la membrana plasmática y mitocondrial de los linfocitos T, y están estrechamente relacionados con el sistema inmune
Ítem Molecular Dynamics of a Water-Absorbent Nanoscale Material Based on Chitosan(American Chemical Society, 2016-03-03) Borca, Carlos H.Although hydrogels have been widely investigated for their use in materials science, nanotechnology, and novel pharmaceuticals, mechanistic details explaining their water-absorbent features are not well understood. We performed an all-atom molecular dynamics study of the structural transformation of chitosan nanohydrogels due to water absorption. We analyzed the conformation of dry, nanoscaled chitosan, the structural modifications that emerge during the process of water inclusion, and the dynamics of this biopolymer in the presence of nature’s solvent. Two sets of nanoscaled, single-chained chitosan models were simulated: one to study the swelling dependence upon the degree of self-cross-linking and other to observe the response with respect to the degree of protonation. We verified that nanohydrogels keep their ability to absorb water and grow, regardless of their degree of cross-linking. Noteworthy, we found that the swelling behavior of nanoscaled chitosan is pH-dependent, and it is considerably more limited than that of larger scale hydrogels. Thus, our study suggests that properties of nanohydrogels are significantly different from those of larger hydrogels. These findings might be important in the design of novel controlled-release and targeted drug-delivery systems based on chitosan.Ítem Diseño in silico de aptámeros de DNA dirigidos contra el péptido B amiloide(Universidad Icesi, 2018-01-01) González Arias, Fabio Alejandro; Arango Mambuscay, Carlos Alberto; Asesor Tesis; Asesor TesisEsta investigación obtuvo el diseño y estudios de dos estructuras de aptámero de DNA afines a la proteína AB40, a partir de un modelamiento computacional. En primer lugar, para el estudio de las interacciones intermoleculares se utilizó el software Autodock4 el cual fue validado de acuerdo a la metodología por selección de pose, en donde se obtuvieron buenas predicciones para aptámeros hasta de 42 nucleótidos con valores de RMSD menores a 5 A. No obstante, el cálculo de energías solo fue acertado para estructuras simples y flexibles como tallos y bucles.