Caracterización de la estructura de las comunidades de bacterias endófitas establecidas en tejidos vegetativos de dos especies del género Oryza spp. (O. sativa y O. glumaepatula) mediante la técnica de PCR - DGGE basada en la amplificación del GEN 16S rARN

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Fecha

2013-01-01

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Universidad Icesi

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Resumen

Endophytic bacteria are organisms, which colonize the inside of plant tissues without causing harm. These microorganisms are involved in different processes such as biological nitrogen fixation, phytohormone production and resistance to the activity of pathogenic organisms, thus making them a novel alternative for the improvement of crop varieties. The objective of this project was to carry out a comparative analysis of the structure of bacterial communities present in vegetative tissues (leaves and stems) of a genotype Oryza glumaepatula (# 243) and two accessions of Oryza sativa (IR64 and Nipponbare) using the DGGE technique based on the amplification of a hypervariable fragment of the 16S rRNA gene. Two methodologies were used for the assessment of bacterial communities: 1) The classical microbiological method to isolate culturable bacteria, and 2) Direct extraction of bacterial DNA. In both cases, the bacterial enrichment method was included in the process in order to increase the abundance of bacterial strains. A total of 23 different morphotypes were obtained by the microbiological method. Of these, 10 morphotypes were isolated from the tissues of IR64, 6 from Nipponbare and 7 from O. glumaepatula.

Descripción

Las bacterias endófitas son organismos que colonizan el interior de los tejidos de plantas, sin generar daño. Estos organismos participan en diferentes procesos como fijación biológica de nitrógeno, producción de fitohormonas, y resistencia frente a la actividad de organismos patógenos; entre otros, lo que las convierten en una alternativa novedosa para el mejoramiento de las variedades de cultivo. El objetivo de este proyecto fue realizar un análisis comparativo de la estructura de las comunidades bacterianas presentes en tejidos vegetativos (hojas y tallos) de un genotipo de Oryza glumaepatula (Accesión # 243) y dos accesiones de Oryza sativa (IR64 y Nipponbare) empleando la técnica de DGGE basada en la amplificación de un fragmento hipervariable del gen 16S rARN. Se emplearon dos metodologías para la evaluación de las comunidades bacterianas: 1) El método microbiológico clásico que permite aislar bacterias cultivables, y 2) Extracción directa de ADN bacteriano.

Citación